O povoado surgiu à margem direita do córrego Água Limpa, na fazenda de propriedade de Bernardino Vivaldo dos Santos, oriundo do Estado da Bahia, que, em 1927, doou a Santa Luzia 05 (cinco) alqueires de terras. Francisco José de Moura doou mais 10 (dez) alqueires, e assim construíram um rancho de palha que servia de templo, nos primeiros tempos do povoado.
Em 1929, em cumprimento de promessa a Nossa Senhora da Abadia e Santa Luzia feita pelos doadores para livrar suas fazendas do saque na passagem dos revoltosos, foi construída uma capela. A partir de sua inauguração, foram surgindo várias construções em sua volta, formando-se o povoado que recebeu o nome de Água Limpa, da fazenda que lhe deu origem.
Em 1936, a construção da Rodovia Goiânia-Rio Verde, passando por Água Limpa, trouxe grande impulso ao crescimento do distrito.
O topônimo Jandaia foi escolhido devido à grande quantidade dessa ave existente na região.
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Jandaia, pelo Decreto n.º 113, de 04-01-1935 e anexado ao município de Palmeiras. Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o distrito de Água Limpa figura no município de Palmeiras. Pelo Decreto-lei Estadual n.º 8.305, de 31-12-1943, o distrito de Água Limpa passou a denominar-se Jandaia e o município de Palmeiras a denominar-se Mataúna.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o distrito de Jandáia figura no município de Mataúna.
Pelo Artigo 65 do Ato das Disposições Constitucionais Transitórias de 20-VII-1947, o município de Mataúna passou a denominar-se Palmeira de Goiás.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Jandaia permanece no município de palmeira de Goiás.
Elevado à categoria de município com a denominação de Jandaia, pela Lei Estadual n.º 791, de 05-10-1953, desmembrado de Palmeira de Goiás. Sede no antigo distrito de Jandaia. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1954.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2018.
Fonte: IBGE